Po rozpadzie Czechosłowacji w 1993 r. w Czechach i na Słowacji zupełnie odmiennie kształtują się, pomimo wspólnej, ponad siedemdziesięcioletniej historii, relacje pomiędzy państwem a Kościołem. Republika Czeska należy do najbardziej zlaicyzowanych państw w Europie, z ogromną rzeszą bezwyznaniowców w strukturze konfesyjnej. Jedynie trzecia część Czechów to osoby wierzące, zaś największymi wspólnotami religijnymi są Kościół Rzymskokatolicki, Czeskobraterski Kościół Ewangelicki i Czechosłowacki Kościół Husycki. Inaczej sytuacja wygląda na Słowacji, gdzie poziom religijności wciąż jest wysoki. Powyższe fakty determinują współczesną politykę wyznaniową oraz miejsce Kościoła i religii w obu państwach. Głównym celem artykułu jest ukazanie stosunków wyznaniowych w Czechach i na Słowacji z perspektywy porównawczej.